Si ejecutamos simplemente algo como:

$ sudo rm -Rfv /Volumes/[disco]/Backups.backupdb/[ruta]

Nos regresara errores como «Operation not permitted» esto se debe a la protección esotra que se genera en un disco de Time Machine. Para poder eliminarlo, solo debemos invocar una utileria que hace un «bypass» sobre las ACL de Time Machine. Para lograrlo solo debemos ejecutar en consola:

$ sudo /System/Library/Extensions/TMSafetyNet.kext/Contents/MacOS/bypass rm -rfv /Volumes/[disk]/Backups.backupdb/[path]

Para hacer lo mismo en Mountain Lion (10.8) la locación de la utilidad cambia a:

$ sudo /System/Library/Extensions/TMSafetyNet.kext/Helpers/bypass rm -rfv /Volumes/[disk]/Backups.backupdb/[path]

En Yosemite y arriba (10.10+) la utilidad cambia a:

$ sudo /System/Library/Extensions/TMSafetyNet.kext/Contents/Helpers/bypass rm -rfv /Volumes/[disk]/Backups.backupdb/[path]