Este error me hizo dar una buena búsqueda antes de resolverlo, cuando tenemos php 5.3.x instalado en nuestros servidores y usamos la clase ezclass para PDF de R&Os

El error que nos muestra puede ser muy similar a:

Cabe mencionar, que los números de línea pueden variar y, el la ubicación del script la escribí como «…»

Deprecated: Function set_magic_quotes_runtime() is deprecated in /.../class.pdf.php on line 2856
Deprecated: Function set_magic_quotes_runtime() is deprecated in /.../class.pdf.php on line 2858
Deprecated: Function set_magic_quotes_runtime() is deprecated in /.../class.pdf.php on line 2641
Deprecated: Function set_magic_quotes_runtime() is deprecated in /.../class.pdf.php on line 2653

Además de un:

Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in /.../pdf.php on line X

Esto se arregla muy rápido y hay que saber el porque del problema, se trata tan solo de una función depreciada en PHP 5, que se iba a mantener en funcionamiento hasta ultima versión, solo que no mas en la 6, ósea, llegando a PHP 6 ya no se podrá utilizar esta función.

Lo que debemos hacer es simple, abrimos el fichero de la clase (class.pdf.php) en el editor de nuestra preferencia y eliminamos todas las líneas que contengan esto:

set_magic_quotes_runtime(0);

Por ultimo, solo es necesario editar nuestro script donde ejecutamos la creación del PDF y cambiamos de esto:

$pdf =& new Cezpdf('letter','portrait');

Por esto:

$pdf = new Cezpdf('letter','portrait');

Lo único que hicimos es quitar ese ampersand (&) antes del new, ya que esto solo se permite en PHP 4.